이상과 같은 미래지향적 비전에 따라, 차 의과학대학교 의학전문대학원은 종전의 ‘2+4’ 체제의 의과대학과 뚜렷이 차별화된 ‘4+4’ 전문대학원 체제로 전환하면서 교육과정 전반에 대한 전면적 개혁을 시행하였다.
이에 따라 기초, 임상의학 교육과정에서 2005년 이후 ‘장기별 통합강의’ 체제를 적용, 운영하고 있다. 또한, 2006년부터 본격적으로 시행되고 있는 석,박사복합학위과정(MD-PhD과정)은 국내 최초로 도입된 의과학자(Physician Scientist) 양성 제도로 기록될 전망이다. 2008년부터는 임상실습 교육과정에 ‘핵심/선택과목’ 체제를 도입하여 운영하고 있다. PBL, TBL, CBL 등 다양한 선진교수법을 도입하였고, 임상시뮬레이션센터를 운영하여 임상진료 및 수기(OSCE/CPX) 중점 교육을 시행하고 있다.
더 나아가 차 의과학대학교 의학전문대학원은 해외에 있는 연구소 및 병원들을 학생 교육에 적극 활용하여 장, 단기 해외 연수 및 실습 프로그램을 기획, 운영함으로써 학생들로 하여금 국제적 리더로서의 소양 및 자질을 갖추도록 최선의 노력을 기울이고 있다.
RECOMP를 시작하면서 학생들의 연구역량을 개발하기 위한 연구실습 및 입문, 연구방법론 등의 강좌를 개설 및 운영하여 미래형 의과학자 육성에 심혈을 기울이고 있다.